Schäfer svou kariéru v automobilovém průmyslu zahájil coby strojní inženýr v roce 1991 ve společnosti Daimler AG. Do roku 2002 pracoval v Německu, v USA a v Jihoafrické republice ve vedoucích funkcích v oblasti výroby a řízení kvality. V letech 2002 až 2005 jako člen představenstva za oblast techniky stál u zrodu společnosti DaimlerChrysler Malaysia, kde byl pověřen výstavbou a přestavbou prodejních, výrobních a dodavatelských struktur.
V letech 2005 až 2012 byl Thomas Schäfer ve společnosti Daimler AG v Německu odpovědný za dodávky vozů, zákaznické centrum a za celosvětové xKD-aktivity v nově vznikajících trzích. Do oblasti jeho odpovědnosti spadala vedle výstavby nových závodů také oblast plánování a strategie i mezinárodní logistika všech zahraničních závodů.
V roce 2011 bylo jedním z jeho hlavních úkolů vedení projektu výstavby závodu značky Mercedes-Benz ve spolupráci s BAIC v Číně. V květnu 2012 Schäfer přešel do koncernu Volkswagen AG. Tam nejprve řídil koncernovou zahraniční výrobu, dále byl pověřen vedením xKD-projektů a jednáními o nových výrobních závodech. Od roku 2015 zastával funkci předsedy představenstva a výkonného ředitele Volkswagen Group South Africa, kde zodpovídal za rozvoj koncernových značek v regionu subsaharské Afriky.
Během svého pětiletého působení se tu zasloužil o rozvoj prodejní sítě, zvýšil profitabilitu obchodních zastoupení a dovedl koncernové značky Volkswagen, Audi a VW Užitkové vozy k dosavadnímu rekordnímu tržnímu podílu ve výši 23,5 procenta. Pod vedením Thomase Schäfera koncern Volkswagen výrazně rozvinul a posílil svou pozici v subsaharské Africe. Přispělo k tomu i vybudování nových výrobních závodů, etablování nových kooperací s importéry i rozvoj koncepcí mobility pro Keňu, Nigérii, Rwandu a Ghanu.
